Dansk Jødisk Museum indsamler og bevarer alle typer af materialer, som kan være med til at dokumentere væsentlige aspekter ved jødisk liv i Danmark. Museets samling rummer i dag mere end 5.500 forskellige objekter. Hovedparten af samlingen udgøres af lidt over 1.500 tredimensionelle genstande og mere end 3.500 fotos, mens den resterende del består af kunstværker samt arkivfonde, filmoptagelser, lydoptagelser m.m.

Museet har etableret forskellige sider fx.
Klik-og-find, hvor man kan gå på opdagelse i jødisk lokalhistorie i Danmark 1600-1930, og hvor man også kan bidrage med oplysninger.
Safe-Haven: I oktober 1943 flygtede tusindvis af jøder fra Sjællands kyst til Sverige. Efter ankomsten til Sverige førte de svenske myndigheder protokol over alle anmommende personer. Safe-Haven er en database hvor man kan fremsøge enkeltpersoner, der tog flugten til Sverige i året 1943 og frem. Databasen er under opbygning og forventes færdig primo 2019.